Cuando comenzamos con la Bioquímica en 1º y 2º de bachiller, cunde el pánico. Resulta complicado comenzar, sobre todo si los de Química no han dado todavía la parte correspondiente, y después continuar, cuando llegamos a la esteroisomería. Existen muchos programas que lo facilitan, programas de gráficos moleculares, capaces de leer y presentar la estructura tridimensional. Vamos a trabajar con RasMol porque nos permite visualizar moléculas y también manipularlas. incluso a nivel atómico.
¿Cómo trabaja?
Básicamente, lo que hace RasMol, es leer un archivo que contiene la información estructural de la molécula (archivo PDB) y presentar en pantalla el modelo gráfico, como resultado de la localización de cada uno de los átomos de la molécula, sobre un plano de coordenadas cartesianas x,y,z y la construcción de la gráfica correspondiente. Nos permitirá:
Visualizar representaciones y modelos de la estructura química.
Rotar, desplazar y cambiar el tamaño de la representación en pantalla de la molécula.
Seleccionar y/o restringir segmentos específicos de la molécula tales como sitios activos,dominios de unión, ligados, cofactores, mutaciones, etc.
Exportar las representaciones o imágenes moleculares generadas en diferentes formatos gráficos como gif, ppm y bmp.
Construir animaciones moleculares.
¿Qué necesitamos?
Esta información está recogida del trabajo de http://www.accefyn.org.co/bioinfo/pdf/articulo-acad2.PDF
Como usuarios
Para manejar los archivos, nace CHIME, que un plug-in para navegadores que permite el manejo de archivos tipo PDB pero a nivel de WEB, como un visualizador molecular, ya que Chime permite fácilmente navegar por las diferentes propiedades de una molécula.
Manejo interactivo de la molécula durante la ejecución de los scripts o animaciones moleculares. Es posible cambiar la posición y el tamaño de la molécula, y hacerla rotar, utilizando únicamente los botones del mouse.
Aplicación de la mayor parte de comandos de RasMol a partir de un menú de herramientas emergente y no a partir de una Línea de comandos como en RasMol.
Posibilidad de incluir imagénes, textos, tablas, sonido, etc, permitiendo la generación dewebs mucho más atractivas para el usuario.
Facilidad en la edición y ejecución de los scripts. A diferencia de un script RasMol, en Chime es posible que el usuario lo ejecute parcialmente, y es posible repetir algún paso de la secuencia tantas veces como se estime necesario.
Los dos programas, RasMol y Chime, son simples visualizadores de moléculas, tienen limitaciones ya que fueron concebidos como herramientas educativas, es decir son simples
¨navegadores¨. Una herramienta que permite además de visualizar el analizar, o por lo menos llevar a cabo ciertos análisis básicos sobre estructuras proteicas es el SwissProt y otros programas que vienen especificados en la parte de abajo.
Actividad
Vamos a verlos y utilizar alguno de ellos.
1. Vamos a utilizar principalmente la página biomodel.uah
2. Vamos a instalar el programa y empezamos a dibujar. Vamos a dibujar una glucosa y una fructosa, por ejemplo.
3. En http://www2.uah.es/biomodel/model3j/inicio.htm vamos a poder trabajar con las siguientes moléculas:
Glúcidos
Vamos a buscar un monosacárido, un disacárido y un polisacárido.
Dos aminoácidos
Vamos a insertarlos en el Blog