{"id":692,"date":"2013-01-28T18:28:39","date_gmt":"2013-01-28T18:28:39","guid":{"rendered":"http:\/\/multiblog.educacion.navarra.es\/metayosa\/?p=692"},"modified":"2013-01-28T18:28:39","modified_gmt":"2013-01-28T18:28:39","slug":"bioquimica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/multiblog.educacion.navarra.es\/metayosa\/2013\/01\/28\/bioquimica\/","title":{"rendered":"Bioqu\u00edmica"},"content":{"rendered":"

Cuando comenzamos con la Bioqu\u00edmica en 1\u00ba y 2\u00ba de bachiller, cunde el p\u00e1nico. Resulta complicado comenzar, sobre todo si los de Qu\u00edmica no han dado todav\u00eda la parte correspondiente, y despu\u00e9s continuar, cuando llegamos a la esteroisomer\u00eda. Existen muchos programas que lo facilitan, programas de gr\u00e1ficos moleculares, capaces de leer y presentar la estructura tridimensional. Vamos a trabajar con RasMol porque nos permite visualizar mol\u00e9culas y tambi\u00e9n manipularlas. incluso a nivel at\u00f3mico.
\n\u00bfC\u00f3mo trabaja?<\/strong>
\nB\u00e1sicamente, lo que hace RasMol, es leer un archivo que contiene la informaci\u00f3n estructural de la mol\u00e9cula (archivo PDB) y presentar en pantalla el modelo gr\u00e1fico, como resultado de la localizaci\u00f3n de cada uno de los \u00e1tomos de la mol\u00e9cula, sobre un plano de coordenadas cartesianas x,y,z y la construcci\u00f3n de la gr\u00e1fica correspondiente. Nos permitir\u00e1:
\nVisualizar representaciones y modelos de la estructura qu\u00edmica.
\nRotar, desplazar y cambiar el tama\u00f1o de la representaci\u00f3n en pantalla de la mol\u00e9cula.
\nSeleccionar y\/o restringir segmentos espec\u00edficos de la mol\u00e9cula tales como sitios activos,dominios de uni\u00f3n, ligados, cofactores, mutaciones, etc.
\nExportar las representaciones o im\u00e1genes moleculares generadas en diferentes formatos gr\u00e1ficos como gif, ppm y bmp.
\nConstruir animaciones moleculares.
\n\u00bfQu\u00e9 necesitamos?<\/p>\n

Esta informaci\u00f3n est\u00e1 recogida del trabajo de http:\/\/www.accefyn.org.co\/bioinfo\/pdf\/articulo-acad2.PDF<\/p>\n

Como usuarios<\/strong>
\nPara manejar los archivos, nace CHIME, que un plug-in para navegadores que permite el manejo de archivos tipo PDB pero a nivel de WEB, como un visualizador molecular, ya que Chime permite f\u00e1cilmente navegar por las diferentes propiedades de una mol\u00e9cula.<\/p>\n

Manejo interactivo de la mol\u00e9cula durante la ejecuci\u00f3n de los scripts o animaciones moleculares. Es posible cambiar la posici\u00f3n y el tama\u00f1o de la mol\u00e9cula, y hacerla rotar, utilizando \u00fanicamente los botones del mouse.
\nAplicaci\u00f3n de la mayor parte de comandos de RasMol a partir de un men\u00fa de herramientas emergente y no a partir de una L\u00ednea de comandos como en RasMol.
\nPosibilidad de incluir imag\u00e9nes, textos, tablas, sonido, etc, permitiendo la generaci\u00f3n dewebs mucho m\u00e1s atractivas para el usuario.
\nFacilidad en la edici\u00f3n y ejecuci\u00f3n de los scripts. A diferencia de un script RasMol, en Chime es posible que el usuario lo ejecute parcialmente, y es posible repetir alg\u00fan paso de la secuencia tantas veces como se estime necesario.<\/p>\n

Los dos programas, RasMol y Chime, son simples visualizadores de mol\u00e9culas, tienen limitaciones ya que fueron concebidos como herramientas educativas, es decir son simples
\n\u00a8navegadores\u00a8. Una herramienta que permite adem\u00e1s de visualizar el analizar, o por lo menos llevar a cabo ciertos an\u00e1lisis b\u00e1sicos sobre estructuras proteicas es el SwissProt y otros programas que vienen especificados en la parte de abajo.<\/p>\n

Actividad
\nVamos a verlos y utilizar alguno de ellos.
\n1. Vamos a utilizar principalmente la p\u00e1gina biomodel.uah
\n\"biomodel\"<\/a>
\n2. Vamos a instalar el programa y empezamos a dibujar. Vamos a dibujar una glucosa y una fructosa, por ejemplo.
\n3. En http:\/\/www2.uah.es\/biomodel\/model3j\/inicio.htm vamos a poder trabajar con las siguientes mol\u00e9culas:
\nGl\u00facidos
\nVamos a buscar un monosac\u00e1rido, un disac\u00e1rido y un polisac\u00e1rido.
\nDos amino\u00e1cidos
\nVamos a insertarlos en el Blog<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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