Abr 252015
 

Hoy, 25 de abril se conmemora el descubrimiento de la estructura del ADN por Watson y Crick,  basado también en el trabajo de Rosalind Franklin, de la que el día 16 hizo 57 años de su muerte.
Algunas curiosidades:

  • Si multiplicamos la longitud del DNA de una célula por todas las células del ser humano, haríamos 70 viajes de ida/vuelta al sol.
  • ¿Sabías que el ADN te influye a la hora de escoger pareja?
  • El ADN contiene más información en un centímetro cúbico que un millón de millones de Compact Discs
  • Sí “estirásemos” el ADN de cada célula alcanzaríamos una longitud de 2 metros
  • Si estirásemos el ADN de todas las células de nuestro cuerpo, con su longitud ¡podríamos dar más de 1.500 vueltas al planeta!
  • 1 millon de bases(Megabases) de DNA es el equivalente a 1 Megabyte de almacenamiento en un pc
  • El ADN mitocondrial sólo se hereda de la madre.
  • Si nuestro genoma fuese un libro y se leyesen 10 letras por segundo ¡tardaríamos 11 años en leerlo!
  • Sabías que si pusiésemos todo el ADN de un ser humano en línea recta llegaría a Plutón.
  • El helecho indio tiene mas de 1000 pares de cromosomas mientras que el ser humano solo 23
  • ¿Sabías que para escribir todas las letras que forman el genoma humano harían falta más de 214 millones de tuits?
  • ¿Sabías que para escribir todas las letras que forman el genoma humano harían falta más de 214 millones de tuits?
  • Si multiplicamos la longitud del DNA de una célula por todas las células del ser humano, haríamos 70 viajes de ida/vuelta al sol.

¿Qué podemos hacer con los alumnos?

1. Al igual que se hace en el día del libro con El Quijote, se puede leer un capítulo del libro de Genoma, Matt Ridley. Es un libro que tiene 23 capítulos, uno por cada cromosoma y que elige un gen controvertido para discutir sobre lo que es genético o no. Das con ello pie a fomentar la lectura divulgativa, que no es poco, y  a la discusión: hasta donde llega la Ciencia, lo que hoy es verdad, mañana no lo es…

2. Recorta y pega del ADN: hay varios modelos.

http://cienciasnaturalesgtb.wikispaces.com/file/view/adn+1.pdf

http://es.scribd.com/doc/67760648/ADN-RECORTABLE

3. Lectura del texto original del descubrimiento: http://www.bioxeo.com/adn.htm

4. Trabaja con la línea de tiempo sobre la Historia del ADN: tarda bastante en bajar:

http://www.biologia.edu.ar/macromoleculas/macromedia/history.exe

5. Juega con el ADN.

Puedes construir una molécula http://learn.genetics.utah.edu/es/units/basics/builddna/

Traduce y transcribe un gen: http://learn.genetics.utah.edu/es/units/basics/transcribe/posteriormente, un gen.

6. Proyecto Genoma humano: http://www.genome.gov/25019879. Aquí te explican tambiéncómo se secuencia el ganoma: http://www.genome.gov/Edkit/flash/intro.html Tiene un montón de animaciones.

7. Puedes extraer ADN: http://learn.genetics.utah.edu/es/units/activities/extraction/

8. Revisa las animaciones sobre el ADN: http://www.elmundo.es/especiales/2003/02/salud/genetica/descifrar_la_vida.html

1. Lectura de “Hasta ahora se creía que las únicas moléculas capaces de contener y transferir información biológica eran el ADN y el ARN. Un equipo de científicos ha sintetizado en el laboratorio seis polímeros que también cumplen con las leyes de la herencia y, uno de ellos, con la evolución darwiniana.” Sigue leyendo
2. Dibuja, fabrica, fotografía ADN:
3. Visualiza este video: https://www.youtube.com/watch?v=VZ8GZRx5_Vk

ADN animation.gif
«ADN animation» por brian0918Trabajo propio. Disponible bajo la licencia Dominio público vía Wikimedia Commons.

Feb 272013
 
 27 Febrero, 2013  Publicado por , a las 11:43 Bioquímica, Bioquímica, TIC, Utilidades Etiquetas: , ,  Sin comentarios »

Gracias a Mertxe J. Badiola, compañera de En la nube TIC, he conocido Chemitorium una herramienta libre que permite visualizar y construir fácilmente moléculas.

  • Soporta  los siguientes formatos: CHX, XML, JPG, TIFF, PNG, BMP, GIF, EMF, WMF, lo que la convierte en ideal para incrustar en un blog o unos apuntes de clase.
  • Dispone de versión portable.

¿Cómo funciona?

Una vez descargada desde la propia página, se instala. Está disponible ne inglés y alemán.

1. File>New para empezar una reacción o una molécula.

2. Empezar a escribir: para ello podemos elegir desde la tabla periódica. Damos clic en la pizarra, y aparece el elemento con 4 esquinas, con clic derecho podemos arrastrar el elemento para enlazarlo con el siguiente, pudiendo alargar los enlaces con la barra. En el momento en que enlazamos otro elemento, desaparece un electrón.

3. Se pueden previsualizar las moléculas, alargando después las moléculas.

4. Se pueden añadir efectos, entre ellos el movimiento.

chemitorium

En definitiva, una herramienta muy fácil de usar y muy dinámica.

Otras herramientas

A formular

Ene 282013
 
 28 Enero, 2013  Publicado por , a las 18:28 Bioquímica, Bioquímica, TIC Etiquetas: , , ,  Sin comentarios »

Cuando comenzamos con la Bioquímica en 1º y 2º de bachiller, cunde el pánico. Resulta complicado comenzar, sobre todo si los de Química no han dado todavía la parte correspondiente, y después continuar, cuando llegamos a la esteroisomería. Existen muchos programas que lo facilitan, programas de gráficos moleculares, capaces de leer y presentar la estructura tridimensional. Vamos a trabajar con RasMol porque nos permite visualizar moléculas y también manipularlas. incluso a nivel atómico.
¿Cómo trabaja?
Básicamente, lo que hace RasMol, es leer un archivo que contiene la información estructural de la molécula (archivo PDB) y presentar en pantalla el modelo gráfico, como resultado de la localización de cada uno de los átomos de la molécula, sobre un plano de coordenadas cartesianas x,y,z y la construcción de la gráfica correspondiente. Nos permitirá:
Visualizar representaciones y modelos de la estructura química.
Rotar, desplazar y cambiar el tamaño de la representación en pantalla de la molécula.
Seleccionar y/o restringir segmentos específicos de la molécula tales como sitios activos,dominios de unión, ligados, cofactores, mutaciones, etc.
Exportar las representaciones o imágenes moleculares generadas en diferentes formatos gráficos como gif, ppm y bmp.
Construir animaciones moleculares.
¿Qué necesitamos?

Esta información está recogida del trabajo de http://www.accefyn.org.co/bioinfo/pdf/articulo-acad2.PDF

Como usuarios
Para manejar los archivos, nace CHIME, que un plug-in para navegadores que permite el manejo de archivos tipo PDB pero a nivel de WEB, como un visualizador molecular, ya que Chime permite fácilmente navegar por las diferentes propiedades de una molécula.

Manejo interactivo de la molécula durante la ejecución de los scripts o animaciones moleculares. Es posible cambiar la posición y el tamaño de la molécula, y hacerla rotar, utilizando únicamente los botones del mouse.
Aplicación de la mayor parte de comandos de RasMol a partir de un menú de herramientas emergente y no a partir de una Línea de comandos como en RasMol.
Posibilidad de incluir imagénes, textos, tablas, sonido, etc, permitiendo la generación dewebs mucho más atractivas para el usuario.
Facilidad en la edición y ejecución de los scripts. A diferencia de un script RasMol, en Chime es posible que el usuario lo ejecute parcialmente, y es posible repetir algún paso de la secuencia tantas veces como se estime necesario.

Los dos programas, RasMol y Chime, son simples visualizadores de moléculas, tienen limitaciones ya que fueron concebidos como herramientas educativas, es decir son simples
¨navegadores¨. Una herramienta que permite además de visualizar el analizar, o por lo menos llevar a cabo ciertos análisis básicos sobre estructuras proteicas es el SwissProt y otros programas que vienen especificados en la parte de abajo.

Actividad
Vamos a verlos y utilizar alguno de ellos.
1. Vamos a utilizar principalmente la página biomodel.uah
biomodel
2. Vamos a instalar el programa y empezamos a dibujar. Vamos a dibujar una glucosa y una fructosa, por ejemplo.
3. En http://www2.uah.es/biomodel/model3j/inicio.htm vamos a poder trabajar con las siguientes moléculas:
Glúcidos
Vamos a buscar un monosacárido, un disacárido y un polisacárido.
Dos aminoácidos
Vamos a insertarlos en el Blog

Sep 232012
 
 23 Septiembre, 2012  Publicado por , a las 18:24 2º Bachillerato, Bioquímica, Célula Etiquetas: ,  Sin comentarios »

Premiada con los premios Labby, en esta pelicula se muestra la desenfrenada actividad de las moléculas dentro de la célula.
Fíjate bien.

NANOPLANET HD from Scientific Visualization Unit on Vimeo.

-¿Qué moléculas aparecen? Fíjate al principio que aparecen unas moléculas que se unen a :…… Y provocan un efecto Qué crees que pueden ser?

Abr 202012
 
 20 Abril, 2012  Publicado por , a las 11:59 Bioquímica, Bioquímica, Célula, Citología e Histología, Imagen de la semana Etiquetas:  Sin comentarios »

Vamos a conmemorar el día del ADN, que es el 25 de abril. vamos a utilizar para ello distintos cauces:
1. Lectura de “Hasta ahora se creía que las únicas moléculas capaces de contener y transferir información biológica eran el ADN y el ARN. Un equipo de científicos ha sintetizado en el laboratorio seis polímeros que también cumplen con las leyes de la herencia y, uno de ellos, con la evolución darwiniana.” Sigue leyendo
2. Dibuja, fabrica, fotografía ADN: http://blogdelaboratorio.com/el-dia-del-adn/?utm_source=feedburner&utm_medium=twitter&utm_campaign=Feed%3A+blogdelaboratorio+%28Blog+de+Laboratorio%29
3. Visualiza este video: http://blogdelaboratorio.com/descubriendo-la-estructura-del-adn/

Dic 072011
 

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Desenredando el ADN. Una de las grandes dificultades que tenemos hoy en día, además de conocer exactamente qué quieren decir cada una de las asociaciiones de bases existentes en nuestro genoma, es cómo se apagan o encienden determinados genes en cada célula, haciendo que una misma información funcione de manera distinta y sirviendo por tanto para diferenciarla, no la información, sino la expresión de esos genes.

La técnica de mapeo de Aiden, un estudiante y sus colegas, intenta explicar el paso desde la estructura primaria y secundaria del ADN (la doble hélice del ADN y los pares de bases) y el mayor nivel (la forma en que se agrupa formando los 23 cromosomas del genoma humano). El nivel intermedio, del orden de miles o millones de pares de bases, se ha mantenido oscuro: es necesario saber qué pares de bases han terminado juntos para reconstruir el genoma en 3D

Todas las células de un  mismo ser vivo comparten la misma información genética, con unos 30.000 genes contenido en nuestro genoma. ¿Por qué una célula del hígado se expresa de distinta manera, mantiene distinta forma y se reproduce a distinto ritmo que una del ojo? ¿Podría influir la forma en que se dobló el genoma,  determinando qué genes estaban dentro y fuera?

Hipótesis

La configuración de la información genética dentro de cualquier célula se ha organizado, en esencia, como un periódico. Toda la información está contenida en el interior, pero los titulares de algunos han sido elegidos para la primera página. Así que el genoma de una célula del hígado se han hecho de la información más importante y relevante el más accesible, mientras que una célula de la córnea se puede plegar de forma diferente.

A través de su investigación sobre los últimos años, Aiden y sus colegas han descubierto que en el ámbito de una megabase (1 millón de pares de bases), el genoma humano se ha envuelto en una estructura conocida como un glóbulo fractal, que es  una estructura elegante y organizada, que puede ser desplegada sin enredarse.

“Aunque puede parecer abstracto”, escribió en su ensayo Aiden nueva ciencia “, el glóbulo fractal es fácil de explicar a los estudiantes graduados, ya que se asemeja mucho a un plato de fideos” Sin cocer, a 30 metros de fideos encajan perfectamente en un paquete pequeño y se entrelazan sin que se enreden.