Feb 272013
 
 27 febrero, 2013  Publicado por , a las 11:43 Bioquímica, Bioquímica, TIC, Utilidades Etiquetas: , ,  Sin comentarios »

Gracias a Mertxe J. Badiola, compañera de En la nube TIC, he conocido Chemitorium una herramienta libre que permite visualizar y construir fácilmente moléculas.

  • Soporta  los siguientes formatos: CHX, XML, JPG, TIFF, PNG, BMP, GIF, EMF, WMF, lo que la convierte en ideal para incrustar en un blog o unos apuntes de clase.
  • Dispone de versión portable.

¿Cómo funciona?

Una vez descargada desde la propia página, se instala. Está disponible ne inglés y alemán.

1. File>New para empezar una reacción o una molécula.

2. Empezar a escribir: para ello podemos elegir desde la tabla periódica. Damos clic en la pizarra, y aparece el elemento con 4 esquinas, con clic derecho podemos arrastrar el elemento para enlazarlo con el siguiente, pudiendo alargar los enlaces con la barra. En el momento en que enlazamos otro elemento, desaparece un electrón.

3. Se pueden previsualizar las moléculas, alargando después las moléculas.

4. Se pueden añadir efectos, entre ellos el movimiento.

chemitorium

En definitiva, una herramienta muy fácil de usar y muy dinámica.

Otras herramientas

A formular

Ene 282013
 
 28 enero, 2013  Publicado por , a las 18:28 Bioquímica, Bioquímica, TIC Etiquetas: , , ,  Sin comentarios »

Cuando comenzamos con la Bioquímica en 1º y 2º de bachiller, cunde el pánico. Resulta complicado comenzar, sobre todo si los de Química no han dado todavía la parte correspondiente, y después continuar, cuando llegamos a la esteroisomería. Existen muchos programas que lo facilitan, programas de gráficos moleculares, capaces de leer y presentar la estructura tridimensional. Vamos a trabajar con RasMol porque nos permite visualizar moléculas y también manipularlas. incluso a nivel atómico.
¿Cómo trabaja?
Básicamente, lo que hace RasMol, es leer un archivo que contiene la información estructural de la molécula (archivo PDB) y presentar en pantalla el modelo gráfico, como resultado de la localización de cada uno de los átomos de la molécula, sobre un plano de coordenadas cartesianas x,y,z y la construcción de la gráfica correspondiente. Nos permitirá:
Visualizar representaciones y modelos de la estructura química.
Rotar, desplazar y cambiar el tamaño de la representación en pantalla de la molécula.
Seleccionar y/o restringir segmentos específicos de la molécula tales como sitios activos,dominios de unión, ligados, cofactores, mutaciones, etc.
Exportar las representaciones o imágenes moleculares generadas en diferentes formatos gráficos como gif, ppm y bmp.
Construir animaciones moleculares.
¿Qué necesitamos?

Esta información está recogida del trabajo de http://www.accefyn.org.co/bioinfo/pdf/articulo-acad2.PDF

Como usuarios
Para manejar los archivos, nace CHIME, que un plug-in para navegadores que permite el manejo de archivos tipo PDB pero a nivel de WEB, como un visualizador molecular, ya que Chime permite fácilmente navegar por las diferentes propiedades de una molécula.

Manejo interactivo de la molécula durante la ejecución de los scripts o animaciones moleculares. Es posible cambiar la posición y el tamaño de la molécula, y hacerla rotar, utilizando únicamente los botones del mouse.
Aplicación de la mayor parte de comandos de RasMol a partir de un menú de herramientas emergente y no a partir de una Línea de comandos como en RasMol.
Posibilidad de incluir imagénes, textos, tablas, sonido, etc, permitiendo la generación dewebs mucho más atractivas para el usuario.
Facilidad en la edición y ejecución de los scripts. A diferencia de un script RasMol, en Chime es posible que el usuario lo ejecute parcialmente, y es posible repetir algún paso de la secuencia tantas veces como se estime necesario.

Los dos programas, RasMol y Chime, son simples visualizadores de moléculas, tienen limitaciones ya que fueron concebidos como herramientas educativas, es decir son simples
¨navegadores¨. Una herramienta que permite además de visualizar el analizar, o por lo menos llevar a cabo ciertos análisis básicos sobre estructuras proteicas es el SwissProt y otros programas que vienen especificados en la parte de abajo.

Actividad
Vamos a verlos y utilizar alguno de ellos.
1. Vamos a utilizar principalmente la página biomodel.uah
biomodel
2. Vamos a instalar el programa y empezamos a dibujar. Vamos a dibujar una glucosa y una fructosa, por ejemplo.
3. En http://www2.uah.es/biomodel/model3j/inicio.htm vamos a poder trabajar con las siguientes moléculas:
Glúcidos
Vamos a buscar un monosacárido, un disacárido y un polisacárido.
Dos aminoácidos
Vamos a insertarlos en el Blog

Oct 162012
 
 16 octubre, 2012  Publicado por , a las 8:05 Célula, Citología e Histología, Curiosidades, Genética, Genética Etiquetas: , ,  Sin comentarios »

En la película Parque Jurásico se conseguía recuperar ADN de dinosaurios de hace de 65 millones de años a partir de la sangre chupada a estos animales por mosquitos conservados en ámbar. Con los fragmentos recuperados y cubriendo los huecos con ADN de rana (debería haber sido con ADN de reptiles o de aves, al menos, actuales) los científicos pudieron “fabricar” dinosaurios.Según las últimas investigaciones esto no sería posible, ya que el ADN tiene un promedio de vida de 521 años.
Según un estudio publicado por Matt Kaplan y la revista Nature parece que el ADN de los dinosaurios y los insectos atrapados en ámbar antiguos no se podrían recuperar para hacer un ‘Jurassic Park’
¿Cómo se ha hecho el experimento?
Se han utilizado los huesos de aves extintas en Nueva Zelanda para calcular la vida media de ADN.

Después de la muerte celular, los enzimas empiezan a romper los enlaces entre los nucleótidos que forman el ADN y los microorganismos aceleran la descomposición. Sin embargo, parece que es el agua la responsable de la degradación y la presencia de agua subterránea es casi omnipresente.
Las dificulatades
-Es raro encontrar grandes conjuntos de ADN suficiente para hacer comparaciones significativas.
-Las condiciones ambientales variables como la temperatura, el grado de ataque microbiano y la oxigenación son capaces de alterar la velocidad de descomposición.

Morten Allentoft en la Universidad de Copenhague y Michael Bunce en la Universidad Murdoch en Perth, Australia, examinaron 158 muestras de 3 especies de aves Moa extintas, que contenían ADN. Los huesos, con 600 y 8.000 años de edad, habían sido recuperados de tres sitios con condiciones de conservación casi idénticos y temperatura de 13,1 º C.

Estudio
Al comparar las edades de los especímenes y grados de degradación del ADN, los investigadores calcularon que el ADN tiene una vida media de 521 años. Vida media significa, al igual que en los estudios de radiactividad, que después de 521 años, la mitad de los enlaces entre los nucleótidos en la doble hélice se habrían roto, después de otros 521 años la mitad de los enlaces restantes se han ido, y así sucesivamente.

El equipo predice que incluso en un hueso a una temperatura ideal de conservación -5 º C, de manera efectiva todos los huesos serían destruidos después de un máximo de 6,8 millones de años. El ADN dejaría de ser legible mucho antes – tal vez después de unos 1,5 millones de años, cuando los filamentos restantes fueran demasiado cortos para dar información significativa.

“Podríamos ser capaces de romper el récord de la secuencia de ADN más antiguo auténtico, que actualmente es de alrededor de medio millón años “, dice Simon Ho, biólogo computacional de la Universidad de Sydney en Australia.
¿Por qué?
Porque quedan interrogantes:
-¿Ocurrirá lo mismo en otros ambientes, como permafrost y las cuevas?
-Analizar la química del suelo e incluso la época del año.

Publicado en Nature el 10 de octubre de 2012.
Aprovecho para ligar la fantástica explicación que se daba en Jurasik Park al ADN y los trabajos de clonación, que parece que estos estudios niegan.

Oct 082012
 

Premio Nobel 2012 en Medicina para John B. Gurdon y Shinya Yamanaka por estudios en la reprogramación de células.

Desde hace muchos años se conoce que procedemos de la unión del espermatozoide y el óvulo, del zigoto. Que el zigoto se va dividiendo, en los seres pluricelulares, en múltiples células hijas que contienen la misma información genética, formando la mórula y que después se produce una diferenciación celular, de tal forma que las células se especializan, perdiendo la multipotencialidad que tenía la célula madre, se pensaba que para siempre.

Gurdon fue el primero en demostrar en 1962 que la especialización es reversible. Lo hizo sustituyendo el núcleo de un óvulo de rana por el núcleo de una célula intestinal de rana y consiguiendo que se desarrollara un renacuajo normal. Había “reformateado” el óvulo.

En este caldo de cultivo trabajó Yamanaka, buscando cómo las células madre embrionarias tienen capacidad para convertirse en cualquier tipo celular y trabajando con la hipótesis de que fueran genes los que regularan esa potencia.
Yamanaka descubrió que sólo hacían falta cuatro genes para transformar las células adultas diferenciadas en células madre (las conocidad como células madre plutipotentes inducidas o células iPS)
Su descubrimiento ha permitido salvar las restricciones religiosas al uso de células madre embrionarias y también la disminución del rechazo del posible paciente al injerto de tejidos, por tratarse de células del propio paciente.

Hoy es un gran día, ya se puede vislumbrar un panorama de apertura a posibles curaciones utilizando células propias reprogramadas.

May 292012
 

El uso de las redes sociales nos facilita a los docentes una serie de herramientas para proponer ejercicios, añadir enlaces y participar colaboraría ente con otros docentes. Voy a hablar sobre las herramientas que utilizo y voy a comentar por qué las he elegido. Empezamos por el más colorista, Pinterest

  1. Pinterest. Es una web conectada con Facebook y Twiter, que permite añadir imágenes,desde el PC ( las propias) y con la URL, las ajenas. Es colaborativa porque permite añadir comentarios a quién se lo permitas.
Puntos a favor
  • Es muy colorista, muy agradable y muy fácil de usar.
  • Permite seguir a otros, que te sigan (si quieres) invitar a colaboradores o no.
En contra
  • Necesitas una invitación.
  • Puedes registrarte usando las redes sociales pero tienes que permitirle el acceso a tu cuenta y, eso frena en un principio.
¿Cómo empezar?
  • Necesitas solicitar una invitación, que tarda un día en llegar, o bien que te la envíe alguien que la use (por ejemplo tú como profesor).
  • Una vez recibida, te pide el registro.
  • Una vez dentro, te aparecen una gran cantidad de temas e intereses a los que te puedes adherir: en parte es una plataforma comercial para artistas…
  • Puedes buscar otros usuarios con intereses similares.
¿Cómo se usa?
Pinterest divide los trabajos en Boards, carteles. Puedes hacer tantos cuántos quieras.
Al darle a Add+, te permite varias acciones:
Primero pincharás en Create a Board, para añadir tu primer mural, que puedes elegir que sea compartido, rellenando la casilla Add another pinner:
En cada Board vas pinchando (pin) tus imágenesy las imágenes ajenas (a las que debes enlazar mediante su dirección web, para mantener su propiedad). Una vez elegida la imagen, le puedes añadir título y comentario, que no puede sobrepasar los 500 caracterers. Si quisieras incorporar más contenidos, podrás hacerlo como comentario.. Además podrán añadirlos otros, lo que le añade el atractivo de la colaboración. Pinterest te permite añadir un marcador a tu navegador para que colgar una imagen (pin) sea más fácil todavía.
Te permite añadir un enlace desde el blog (a través de un widget) o desde Facebook y Twiter.
Uso en el aula.
Desde el momento en que accedes y ves algunos de los murales, se te ocurren infinitos usos y, casi todos incluyen a tus alumnos como colaboradores.
Para permitir que interactúen, cuando creas tu mural, debes activar la casilla de compartir (encouraging) para que no sólo puedas contribuir tú sino también tus colaboradores y te da la posibilidad de empezar a añadir nombres; después, introduces direcciones de correo electrónico, pulsas Add y automáticamente te aparece un mensaje de invitación, que le llegará a los alumnos a los que quieres involucrar. En casos pueden añadir comentarios o también imágenes.
En el área de Biología y Geología, he comenzado por planificar unos cuantos.
  • Para hacer clasificaciones: los 5 Reinos. Los alumnos deberán decir de qué tipo se trata. Ejemplo: http://pinterest.com/metayosa/los-5-reinos/
  • Para describir ecosistemas, con plantas, animales o paisajes: ecosistema de ribera: http://pinterest.com/metayosa/las-hojas/
  • Para hacer herbarios o colecciones de animales, sin necesidad de arrancar o matar bichos.
  • Describir una excursión. Se colocan las imágenes y los alumnos/as deben describirlas. Es una forma de evaluar si se han conseguido los
  • Ir construyendo un mural con las principales noticias aparecidas a lo largo del curso sobre cada asignatura: sobre CTMA, sobre Ingeniería genética, sobre salud…
  • A través del mural de noticias, puedes ir encadenando otras que tienen que ver con ellas, extraer conclusiones… Por ejemplo: Argentina encuentra petróleo, lo podremos unir con el anuncio del gobierno argentino de intervenir.
  • Hacer un examen sobre geodinámica externa, se colocan fotos para cada grupo y deben explicarlas.
  • Hacer una gimkana: se plantea una cuestión y deben comentarla. El que acierta, propone otra.
  • Recolectar los científicos que van apareciendo a lo largo del curso y hay que escribir su biografía, con sus principales descubrimientos.
  • Plantear en 3 ESO unSe tratEn bachiller se puede jugar al acertijo de las moléculas: se van añadiendo imágenes y hay que decir de qué tipo En bachiller se puede jugar al acertijo de las moléculas: se van añadiendo imágenes y hay que decir de qué tipo.
  • Un mural sobre los libros que se tienen que leer de ciencia en 1º de bachiller, o de ciencias de la tierra.
  • Para los pequeños podemos hacer un tablón sobre vocabulario: podemos reforzar las palabras que les resultan más difíciles a través de imágenes.
  • Otro tablón sobre cine y documentales relacionados con nuestras asignaturas.
  • Hacer un album de fotos sobre temas de actualidad.
  • Construir una “videoteca” para cada uno de los cursos.
  • Un mural sobre animales y plantas en peligro de extinción.
  • Si quieres participar, no tienes más que decírmelo y te enviaré la invitación.